Как вполне безобидный вариант пойдет.
1. Выбрать один из файлов
2.Создать в библиотеке новую папку
3.Перетащить туда все клипы, имеющие отношение к данной кнопке(включительно)
4.Скопировать без помех
Это вариант, но, конечно, можно просто менять имена идентификаторов в библиотеке(их логическая связь не нарушится)
оффтопик:
Во flash 8 появилась возможность смотреть библиотеку одного фильма, находясь в другом, в данном случае-полезно